这一集故事首先发生在四年之后。一开始，染着深棕色头发的Claire和脸上有疤痕的Peter Petrelli相互对峙。Peter正要回到过去－－为了不让Nathan将超能人的秘密公布于众，他打算亲手枪杀哥哥－－而Claire拼了性命也要阻止他。不过，技高一筹的Peter还是返回了现在……于是，发生了第二季结尾的那一幕。但是Nathan并没有死，他活了过来，并且做了一个梦。在梦中，他发现自己成了天使……Matt发现了事实真相，Peter为了避免更大的麻烦，用超能力将Matt送到了撒哈拉大沙漠的正中央。

    随后，Linderman复活了。未来的Ando和现在的Suresh Mohinder都产生了超能力。其中，Suresh的超能力最变态！他的血清可以让任何人出现新的超能力－－就像《The 4400》的情形一样！他自己给自己赋予的超能力是：超级强壮。Niki以新的身份－－某政府高官的情妇－－重新出现在公众面前，她发现了Sylar "破脑取术" 的秘密……

    除了带给观众大量的惊讶和震憾之外，第1集还为整个第三季做了铺垫。Hiro继承了父亲的Yamagato公司，成为公司的CEO。某天，Hiro从他已死的父亲那里得到了一条重要信息，警告他有某个配方可能会毁掉全世界。Hiro的父亲将配方的一半藏在自己的保险箱里，如果有人发现并最终合成病毒，将导致不可估量的后果。当Hiro打开保险箱准备转移配方时，一个叫Daphne的女人突然出现，偷走了配方－－这名新出现的超能人拥有不可思议的超级速度。Hiro来到未来，却发现未来的Ando正在用闪电术攻击未来的Hiro。

    与此同时，Sylar来到一座满是重刑犯的监狱（其中就包括Noah Bennett），准备偷取那些超能人的超能力。在此之前，Sylar干了一件 "大事"－－他杀死了Claire，切开了Claire的大脑，吸收了Claire的自愈能力。当然，Claire又活过来了。

    除此之外，一名被大家公认为 "已经死亡" 的角色将在本季归来。

    《英雄》第三季纯粹是为该剧的铁杆核心观众准备的，它又回到了第一季那样的漫画风格（也许Tim Kring与那对状告他剽窃的夫妇达成了法律和解，可以继续使用他们的创意？）。

    《英雄》第三季将于9月22日首播，档期为每周一晚。